Dopo G.I. Joe - La nascita dei Cobra arriva un sequel nato dall'incasso precedente, che ha fatto più di trecento milioni di dollari in tutto il mondo. Nel sequel i G.I. Joe sono costretti a scontrarsi sia contro Cobra, il loro acerrimo nemico, che contro la minaccia che rappresenta il governo, finito nelle mani degli avversari e che sta mettendo a rischio l'esistenza degli agenti speciali.
